Proteini u adenovirusu (7. svibnja 2015. godine)

proteini, adenovirus

Virusi svoju DNA molekulu čuvaju unutar proteinskog omotača, tzv. kapside. Često je volumen kapside mali pa se DNA unutar nje mora spakirati uz posebne mehanizme. Virusi su za tu potrebu evoluirali razne strategije. Neki uz DNA pakiraju i stanične, vrlo pozitivne proteine koji omogućuju kompaktiranje (negativne) DNA, a neki proizvode svoje proteine za tu potrebu. U tu klasu spadaju >> adenovirusi. No, nije poznato kako su "kondenzacijski", "kompaktifikacijski" proteini raspoređeni u samom virusu te u kakvoj su vezi s virusnom DNA i kakva je konačna konformacija DNA molekule. To je misterij čak i nakon >> našeg članka :)

A naš članak pokušava dati odgovor na to pitanje analizom krio-elektronskih tomograma iz kojih su izvučene trodimenzionalne pozicije "fleka" koje su proglašene kondenzacijskim proteinima (adenosomima). Moj suradnik i novak Sanjin Marion i ja smo onda pokušali vidjeti ima li u rasporedu tih "fleka" neke pravilnosti i što o njihovom međudjelovanju možemo na osnovi toga zaključiti.

>> Zaključak je da raspored proteina sliči rasporedu čestica u fluidu - opaža se vrlo mekana odbojna interakcija među proteinima i slabo uređenje prvih susjeda. Dalji susjedi se praktički "ne vide". Stoga adenosomi liče fluidu mekih kuglica. Čak nema dokaza da su međusobno povezani, što bi bilo za očekivati s obzirom da na sebe vezuju DNA molekulu. Očito su efektivna međudjelovanja u gusto pakiranoj unutrašnjosti virusa vrlo različita od onih kad se sadržaj virusa isprazni u slobodni prostor, gdje se opaža da kondenzacijski proteini liče na "perlice" povezane DNA molekulom.

Što se tiče znanstvene vizualizacije, ona je ovaj put došla uglavnom iz eksperimenta (slika iznad), iz krio-elektronskih snimaka (a) koje su analizirane tako da se dobiju trodimenzionalne koordinate proteina / adenosoma (b) i model virusa (c).

Zadnji put osvježeno 7. svibnja 2015. godine